Περίπου το 90% από αυτά σχετίζονται με τους τύπους του ιού HPV 6 και 11 οι οποίοι είναι αθώοι και δεν προκαλούν δυσπλασία. Όμως μπορεί να εμφανιστούν στο λάρυγγα και να δημιουργήσουν λαρυγγική θηλωμάτωση, μια κατάσταση που ίσως επιμένει προκαλώντας συριγμό, δύσπνοια κ.ά. Από την άλλη, κάποιοι άλλοι τύποι του ιού HPV που μπορούν να δημιουργήσουν κακοήθεια αν και είναι μέτριου κινδύνου είναι οι 33, 35, 39, 45, 51, 58, ενώ υψηλού κινδύνου για εμφάνιση καρκίνου είναι οι τύποι HPV 16 και 18.
Οι δύο αυτές τελευταίες κατηγορίες δεν δημιουργούν κονδυλώματα. Ωστόσο, η κατάσταση είναι λίγο περίπλοκη, αφού στις περισσότερες περιπτώσεις τα κονδυλώματα που είναι καλοήθεις βλάβες συνυπάρχουν με μόλυνση από άλλου τύπου ιό HPV που προκαλεί κακοήθεια.

Υπάρχει ένα πιο σπάνιο νόσημα που λέγεται μποβενοειδής βλατίδωση. Πρόκειται για βλάβες που εξωτερικά μοιάζουν πολύ στην εμφάνιση με τα οξυτενή κονδυλώματα, αλλά δεν είναι καλοήθεις βλάβες. Ανήκει στις ενδοεπιθηλιακές νεοπλασίες και μπορεί να προκαλέσει καρκίνωμα, γι’ αυτό πρέπει να αντιμετωπίζεται άμεσα. Υπεύθυνοι για την εμφάνισή της μποβενοειδούς βλατίδωσης είναι μεταξύ άλλων και οι τύποι υψηλού κινδύνου του HPV 16 και 18. Η διάγνωση επιβεβαιώνεται με ιστολογική εξέταση.

Μια άλλη πάθηση που συχνά συγχέεται με τα οξυτενή (εξωτερικά) κονδυλώματα είναι η σμηγματορροϊκή υπερκεράτωση. Οι βλάβες μοιάζουν σα να είναι κολλημένες στο δέρμα και εμφανίζονται σε διάφορα χρώματα-από καφέ μέχρι κιτρινωπό. Είναι κυρίως καλοήθεις, όπως τα οξυτενή κονδυλώματα, αλλά πρέπει να γίνει σωστή διάγνωση γιατί χρήζει άλλης αντιμετώπισης.

Τέλος με γιγαντιαία οξυτενή κονδυλώματα μοιάζουν οι όγκοι του Buschke-Löwenstein που εμφανίζονται στην περιγενετική και περιπρωκτική περιοχή. Η πρώτη τους κλινική εικόνα δείχνει ότι είναι καλοήθεις βλάβες, αλλά καταστρέφουν γύρω ιστούς, είναι επιθετικοί και μπορεί να εξαλλαχθούν σε καρκίνωμα. Αν δεν αντιμετωπιστούν εγκαίρως μπορεί να αιμορραγούν και να δημιουργούνται επιμολύνσεις στην περιοχή. Η πιο αποτελεσματική αντιμετώπιση θεωρείται η χειρουργική εκτομή. Οι όγκοι αυτοί που αρχικά μοιάζουν με τεράστια κονδυλώματα οφείλονται σε χαμηλού κινδύνου τύπους του ιού HPV.

Επίσης, στη διαφοροδιάγνωση των κονδυλωμάτων περιλαμβάνονται τα θηλώματα, οι μυρμηγκιές, οι σπίλοι γεννητικών οργάνων που μπορεί λανθασμένα να εκληφθούν ως οξυτενή κονδυλώματα.